Để Đối chiếu hóa đơn đầu ra với Tổng cục thuế, thực hiện các bước sau:
I. Kết nối với Tổng cục thuế
II. Đồng bộ danh sách hóa đơn từ Tổng cục thuế
III. Đối chiếu dữ liệu tờ khai với Tổng cục thuế và hiển thị cảnh báo khi phát hiện chênh lệch hóa đơn trên tờ khai
Chi tiết thực hiện như sau:
I. Kết nối với Tổng cục thuế
Bước 1: Chọn phân hệ Thuế/Đối chiếu dữ liệu tờ khai với Tổng cục Thuế
Bước 2: Thực hiện đăng nhập bằng tài khoản Cơ quan thuế để thực hiện kết nối với Tổng cục Thuế
Sau đó, nhấn Kết nối.
Lưu ý: Thông tin tài khoản đăng nhập để kết nối với Tổng cục Thuế là tài khoản mà Cơ quan Thuế đã cung cấp cho doanh nghiệp để tra cứu hóa đơn theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP
II. Đồng bộ danh sách hóa đơn từ Tổng cục thuế
Sau khi kết nối thành công, phần mềm sẽ tự động thực hiện công việc đồng bộ hóa đơn (bao gồm hóa đơn bán hàng, hóa đơn máy tính tiền,…) từ Tổng cục Thuế về phần mềm
Ngay sau khi người dùng thực hiện lập tờ khai đối với Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thì chương trình sẽ thực hiện đối chiếu danh sách hóa đơn lên tờ khai so với dữ liệu hóa đơn được đồng bộ về Tổng cục thuế.
III. Đối chiếu dữ liệu tờ khai với Tổng cục thuế và hiển thị cảnh báo khi phát hiện chênh lệch hóa đơn trên tờ khai
Trường hợp hệ thống đối chiếu Danh sách hóa đơn có phát sinh chênh lệch, Kế toán thực hiện đối chiếu lại như sau:
Bước 1: Chọn khoảng thời gian muốn đối chiếu dữ liệu tờ khai với Tổng cục thuế. Sau đó, nhấn vào biểu tượng 
và chọn Đối chiếu lại để bắt đầu quá trình đối chiếu với dữ liệu từ Tổng cục thuế.
Bước 2: Chương trình sẽ hiển thị thông báo để người dùng nắm được sau khi quá trình đối chiếu hoàn tất.
– Nhấn Xem chi tiết sai lệch để xem danh sách hóa đơn trên bảng kê khai bán ra của tờ khai đang bị lệch so với dữ liệu hóa đơn của Tổng cục Thuế.
Bước 3: Hệ thống sẽ hiển thị kết quả, bao gồm: Các hóa đơn hợp lệ, các hóa đơn có sai sót hoặc không khớp với dữ liệu của Tổng cục thuế
Lúc này, chọn Hóa đơn có chênh lệnh để thực hiện xử lý hóa đơn có sai sót
Tại đây, người dùng cũng có thể nhấn xem chi tiết 
tương ứng với từng kỳ đối chiếu để thuận tiện cho việc kiểm tra, rà soát khi cần thiết.
(Xem chi tiết một số nguyên nhân chênh lệch tại đây)
Bước 4: Đối với các hóa đơn có sai sót hoặc không khớp, nhấn vào biểu tượng 
để chỉnh sửa.
– Chọn trạng thái Đã xử lý và nhập ghi chú (Nếu cần)
Sau đó, Đồng ý.
Hoặc người dùng có thể xử lý tất cả các sai sót bằng cách nhấn Đánh dấu đã xử lý để hoàn tất quá trình.
LƯU Ý:
1. Người dùng có thể thực hiện đối chiếu lại trên tờ khai thuế GTGT, chi tiết như sau:
Bước 1: Tại màn hình Danh sách tờ khai, chọn kỳ kê khai cần đối chiếu lại và nhấn Xem
Bước 2: Chọn Đối chiếu lại dữ liệu hóa đơn trên tờ khai thuế GTGT (Hoặc người dùng có thể nhấn Xem chi tiết sai lệch)
Bước 3: Chương trình sẽ hiển thị thông báo để người dùng nắm được sau khi quá trình đối chiếu hoàn tất.
– Chọn Xem chi tiết sai lệch để xem danh sách hóa đơn bị sai lệch so với dữ liệu hóa đơn của Tổng cục Thuế.
Bước 4: Chọn Hóa đơn có chênh lệch để thực hiện xử lý hóa đơn có sai sót
Bước 5: Đối với các hóa đơn có sai sót hoặc không khớp, nhấn vào biểu tượng để chỉnh sửa
– Chọn trạng thái Đã xử lý và nhập ghi chú (Nếu cần)
Sau đó, Đồng ý.
Hoặc người dùng có thể xử lý tất cả các sai sót bằng cách nhấn Đánh dấu đã xử lý để hoàn tất quá trình
2. Đối với các tờ khai thuế GTGT đã tồn tại trước khi doanh nghiệp thực hiện kết nối, người dùng cũng có thể chủ động thực hiện đối chiếu với hóa đơn trên Tổng cục Thuế bằng 1 trong 2 cách sau:
Cách 1: Trên chi tiết tờ khai, chọn chức năng Đối chiếu ngay
Cách 2: Trên danh sách kỳ đối chiếu, chọn chức năng Thêm kỳ đối chiếu
Lưu ý:
– Chương trình chỉ hỗ trợ đối chiếu các tờ khai cũ có lập kèm bảng kê bán ra
– Chỉ đối chiếu các kỳ đã lập tờ khai thuế
– Trước thời hạn nộp tờ khai thuế GTGT khoảng 3 ngày, hệ thống sẽ tự động gửi thông báo nhắc nhở người dùng cần thực hiện đối chiếu lại doanh thu kê khai với Tổng cục Thuế để đảm bảo dữ liệu đối chiếu được chính xác nhất
